祸粤数年的滇桂军被消灭，消除了革命政府之心腹隐患，有利于政令统一，军民财政机关交回政府统筹，为整顿和革新庶政创造了条件。大元帅府改组为正式政府的时机亦趋成熟。
第三节　国民政府成立及其初步建制
如前所述，孙中山本想将政府的改组与党的改组同时进行，后因鲍罗廷的建议，孙中山同意先改组党，而将政府的改组延后。
1924年冬孙中山北上时，大元帅大本营仍维持旧制，以大本营总参议、广东省省长胡汉民代行大元帅职权。1925年春孙中山病重之际，国民党中央政治委员会于2月19日开会议决将广州政府改为合议制，规定以后国民党“不复有总理”，国家“不复有元首”。孙中山逝世后，因集中力量讨伐杨、刘，这些决议未能即刻实行。
杨、刘叛乱平定后，政府改组工作提上了正式议事日程。1925年6月14日，国民党中央政治委员会召开第14次会议，商讨组建国民政府事宜。会议采纳鲍罗廷的建议，决定改组大元帅府，成立国民政府。6月15日，国民党中央执行委员会举行全体会议，就成立国民政府等事，议决各重要议案，主要内容是：（1）中国国民党中央执行委员会为最高机关；（2）改组大元帅府为国民政府；（3）建国军及党军改称为“国民革命军”；（4）整顿军政、财政。6月24日，胡汉民以大本营总参议代行大元帅职权的名义，发表《接受中国国民党中央执行委员会关于政府改组决议案》之通电。7月1日，国民政府在广州正式成立。政府的改组比党的改组约晚了一年半的时间。