印尼国防部为部队最高领导机构，负责制定国防政策。实际上，军权掌握在负责作战指挥的武装部队总司令手中。陆、海、空军分设参谋长而不设司令职，负责军队的日常管理。各军种参谋部负责行政事务和军事训练，作战指挥则通过全国战略指挥部和防区指挥部实施。全国划分为四大防区，分别是苏门答腊、爪哇、苏拉威西、马鲁古防区。
印尼实行义务兵和志愿兵相结合的兵役制，义务兵服役期限为2年。印尼国民军正规部队现役总兵力38.8万人，另有警察部队约28万人。2001年1月1日起，印尼国家警察彻底脱离了军队体系，直接由总统领导，这是印尼改革军警合一制度和加强文官政府领导的重大步骤之一。
印尼陆军总兵力29万余人，主要编成战略预备队、特种部队和12个军区，装备英制轻型坦克350余辆，法制装甲车700余辆，各种火炮2300余门。海军总兵力5万余人，编有东海、西海两个舰队司令部，东海舰队基地在泗水，西海舰队基地在楠榜的拉泰湾，另有海军陆战队和海运司令部等，各种作战舰艇80余艘。空军总兵力近3万人，编成第一（西部）、第二（东部）两个作战司令部，另有空军特种部队和物资运输司令部，装备各种飞机260余架，主力战机为美制F-16俄制苏-27、苏-30等。