多尔衮死后一个月，顺治八年（1651年）正月十二日，逐步控制朝中局势的顺治宣布正式亲政，随后，先是被多尔衮压制多年的政敌纷纷出来翻案，揭发多尔衮的大逆之罪，顺治则借此机会彻底清算多尔衮及其余党。
耶稣会士卫匡国在《鞑靼战记》中记载道，多尔衮死后被毁挖坟墓，掘出尸体，用棍子打，以鞭子抽，砍掉脑袋，暴尸示众。而多尔衮的哥哥、和硕亲王阿济格则以“谋乱”罪名被处死，多尔衮的党羽何洛会等人还被凌迟处死。
但顺治帝对于多尔衮并不解恨，一直到多尔衮死后十年，当时彭长庚等人上疏颂扬多尔衮率兵逐鹿中原的功绩，请求恢复多尔衮的爵号，对此顺治仍然大发雷霆，下令将彭长庚等人流放宁古塔，可见他仇恨多尔衮之深。
此后，顺治的儿子康熙、孙子雍正都不敢为多尔衮翻案，一直到顺治的曾孙乾隆时期，乾隆皇帝才给多尔衮平反说：“定鼎之初，王（多尔衮）实统众入关，肃清京辇，檄定中原，前劳未可尽泯。”但乾隆又特别指出多尔衮生前“摄政有年，威服自尊”。尽管如此，乾隆仍然下令为多尔衮平反，复还多尔衮睿亲王的封号，并将其配享太庙，按照亲王的规格修复陵墓。