1516年，弗朗西斯一世与教皇利奥十世签订《博洛尼亚协定》，取得任命法国高级神职人员的权力，但任命须经教皇批准，法国则部分恢复缴纳给罗马的上任年贡。法王往往推举亲信担任教会要职，或者把教职空起来占有其收益，实际上控制了法国的教会和教产，使之变成专制王权的支柱。[4]由于法国的天主教会基本掌握在国王手里，所以法国没有进行广泛、深入的宗教改革。
1512年，法国的人文主义者雅克·勒费弗尔·戴塔普尔提出接近后来路德的唯信称义思想。他认为称义完全是上帝白白的恩赐，与善功没有关系。1516年，他与法莱尔等一批具有新思想的人前往莫城，与他的朋友、莫城主教威廉·布利松涅会合，人称“莫城小组”。莫城小组在弗朗西斯一世之妹昂古莱姆的玛格利特支持下积极活动，他们宣讲福音、撤去圣像，用法语做礼拜，影响很大。戴塔普尔并不否认教皇和教会的作用，他本人始终是天主教徒，但他的弟子中有不少人成为新教徒并为宗教改革运动做出了贡献。
1519年，即马丁·路德贴出《九十五条论纲》、点燃宗教改革运动烈火后不久，巴黎街头公开出卖他的著作。弗朗西斯一世赞成路德政权高于教权的思想，同时也出于外交考虑，公开支持德国的新教诸侯，对法国的新教徒暂时采取容忍态度。1534年10月，宣传宗教改革的传单贴满巴黎和奥尔良的大街小巷，甚至贴在王宫的大门上，史称“传单事件”。以勇敢著称的“骑士国王”弗朗西斯一世被群众运动吓破了胆，转而迫害新教徒，以维护封建统治。于是，300多新教徒被捕，几十人被烧死。这时，加尔文受到迫害，难以立足，改名换姓逃往巴塞尔，继续从事宗教改革活动。