那些江南地区的百姓深受其害。
但是后期因为戚继光率领的戚家军打击，海患问题可以说已经减轻了许多，特别是大明军队进入高丽彻底的把倭寇赶下海，大明的倭寇已经很少了。
这里说的是倭寇，但是海患问题已经和倭寇的关系不大了，这个时期的海患问题主要是由沿海百姓组成的海盗。
为什么会这样？
因为那些士大夫发现，海上的利益很大，一旦让朝廷知道海患问题解决，重新开放海洋的话，他们就不能独享海上贸易的利益。
所以他们一边使用手段把戚家军调到了北方，一边在暗中和那些海盗联系，支持他们做大做强，一是为他们自己的海上贸易保驾护航，二就是利用海盗给朝廷一个错觉，海上不安全，会给朝廷造成很大的麻烦，三就是利用自己控制的海盗去打击对手。
你看看，这就是当时那些嘴上喊着不与民争利，禁止开放海洋的士大夫的嘴脸。
郑芝龙和刘香这样的海盗，能做大做强离不开那些士大夫们的支持。
但是做大做强之后的郑芝龙，开始考虑脱离那些士大夫们的掌控，以及给自己谋取后路，在经过一年多时间，他们选择了投效朝廷，而刘香则选择继续做那些士大夫的爪牙，这就有了后来刘香召集海盗对付郑家的行动。