明年，王莽派大兵四十万去剿办，多而不整，大败于昆阳（今河南叶县）。莽遂失其控制之力，各地方叛者并起。更始分兵两支：一攻洛阳，一入武关。长安中叛者亦起。莽遂被杀。更始移居长安，然为新市、平林诸将所制，不能有为。此时海内大乱，而今河南、河北、山东一带更甚。刘　为新市、平林诸将所杀。刘秀别为一军，出定河北。即帝位于鄗（改名高邑县），是为后汉光武皇帝。先打平了许多小股的流寇。其大股赤眉，因食尽西上，另立了一个汉朝的宗室刘盆子，攻入长安。更始兵败出降，旋被杀。
光武初以河内为根据地（汉河内郡，治怀，在今河南武陟县），派兵留守，和服从更始的洛阳对峙。至此遂取得了洛阳，定都其地。派兵去攻关中，未能遽定，而赤眉又因食尽东走，光武自勒大兵，降之宜阳（今河南宜阳县）。此时东方还有汉朝的宗室刘永割据睢阳（今河南商丘县）。东方诸将，多与之合。又有秦丰、田戎等，割据今湖北沿江一带，亦被他次第打平。只有陇西的隗嚣，四川的公孙述，较有规模，到最后才平定。保据河西的窦融，则不烦兵力而自下。到公元36年，天下又算平定了。