康熙皇帝三次亲征，深入沙漠，终于平定了噶尔丹这股民族分裂势力，同时以民族和解政策，妥善地处理清廷同蒙古诸部的关系，实现了统一漠北蒙古的目的，使北方边境得以安宁。康熙三十六年(1697),清廷遣送喀尔喀各部重新返回自己原来的牧场，又在科布多、乌里苏台等地派驻将军和参赞大臣，进一步加强了对蒙古的统辖。
抚绥蒙古
康熙皇帝征讨噶尔丹所取得的胜利，是具有深远意义的。它扫除了漠北、西北地区一大不安定因素，稳定了那里的社会秩序，在不同程度上加强了清廷对喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古的统一管辖。尤为重要的是其巩固边防、对外反侵略的意义。沙俄侵略势力对我国蒙古族居住地区的侵略，寄希望于噶尔丹的配合。康熙皇帝为了保卫中国领土的安全和完整，不仅除掉了噶尔丹，而且进一步团结众蒙古，筑成一道抗击沙俄南侵的铁壁铜墙。如他所云“本朝不设边防，以蒙古部落为屏藩耳”。
康熙皇帝对蒙古各部采取“乱则声讨，治则抚绥”“宣威蒙古，并令归心”的方针，在其祖父太宗皇太极统一漠南蒙古基础上又统一漠北喀尔喀蒙古，并部分统一漠西厄鲁特蒙古，只有准噶尔部策妄阿拉布坦仍保持朝贡关系。他为了对蒙古各部(包括内蒙)进行有效的管辖与治理，采取了一系列措施。包括推行旗盟制度、建立法律制度、设立台、站巡边制度等，尤其是确定“兴黄教以安众蒙古”的国策以及与蒙古上层世代联姻的政策。