毓贤在处理济宁红拳反教会斗争时说过这样的话：“平民学习拳棒，多系自保身家。惟前受教民欺诈太甚，加之外来匪徒乘机煽惑，遂各怀报复之心。”待到朱红灯的神拳起事的时候，毓贤更明确指出：“山东民情强悍，因屡受教民欺侮，积不能报，多习技勇自卫身家，其事容或有之。至于聚众逞凶，只是外匪乘民教不和，从中挑衅生事。”他甚至把那些反洋教斗争的拳民说成是“冒称大刀会、义和拳等名目”进行捣乱的“外来游匪”，以此为大刀会、义和拳开脱和正名。
在毓贤这种指导思想的影响下，一些地方官对于当地民众反对教会的斗争也尽量予以掩盖，实在掩盖不住，就指责是那些“外来匪徒”“假托”拳会之名而捣乱。这在某种程度上纵容或支持了义和团运动的发生。
与李秉衡的“会匪区别”的政策相比，毓贤的办法显然更进一步。他不仅认为应该区分会与匪，而且从根本上否认拳会是反洋教斗争的发起者和组织者。他的目的一是要以镇压“外匪”的名义镇压大规模的反洋教斗争，把人民自发地反对外来侵略的斗争限制或纳入官方许可的轨道上；二是在镇压的同时避免过分损伤人民群众反对外国教会势力的热情和力量，并以此来抵制教会势力的过分嚣张，平衡民间力量，维持社会稳定。