秦孝公于是决定正式下令变法，由卫鞅全权负责。为了确保变法的顺利施行，秦孝公还给卫鞅网罗一批心腹骨干。卫鞅推行变法，阻力不光来自于朝堂，还来自于民间。在法令初行的头一年，秦国的很多人来到栎阳上书言新法不便。但秦孝公坚定信念，对这些奏疏不加理睬。
保守派在秦孝公的强压下，偃旗息鼓了一段时间，但他们对卫鞅新法依旧无比仇视。他们怂恿秦国王室触犯新法，以此阻挠新法推行。太子赢驷犯法。秦孝公没有徇私，将这件事情交由卫鞅处置。卫鞅的处置十分干脆，下令处置太子的两位师父，公子虔为秦孝公的兄长，被卫鞅割掉了鼻子，公孙贾被处以黥刑，脸上刺字。此事之后，朝野大震，再也没有人敢抵触新法了。
在秦孝公的强力支持下，卫鞅成功地推行了变法。经过十余年的治理，秦国面貌焕然一新，“道不拾遗，山无盗贼，家给人足”，人们“勇于公战，怯于私斗”，上下大治。国家实力迅速增强，东方诸侯莫敢与之争。卫鞅也因其变法之不世功劳，受封于商於之地，人称商君。